Comme aucune mesure spécifique n'est prévue à cet égard dans le contexte actuel de la crise sanitaire liée au coronavirus, il faut se référer au cadre légal général et aux règles existantes dans la réglementation TVA. En cas de destruction de biens par un assujetti, il y a une présomption légale en faveur de l’administration TVA, avec donc un renversement de la charge de la preuve (qui pèse sur l’assujetti TVA). Tout ce qui est acheté par une entreprise assujettie à la TVA est – sauf preuve du contraire – réputé avoir été vendu avec application de la TVA à la sortie. Cette présomption est réfragable et l’assujetti à la TVA peut donc démontrer que les biens n’ont pas été vendus mais ont été détruits et qu’aucune TVA à la sortie n’est due.
Dans le contexte actuel, il est important de conserver la preuve de la destruction éventuelle de marchandises pour qu’en cas de contrôle, l’assujetti puisse établir la contre preuve et démontrer à l’administration qu’aucune TVA à la sortie n’est due. Il faut documenter suffisamment la destruction ou l'élimination des produits pour lesquels il y a eu une TVA à l’entrée. Dans un premier temps, il est important de tenir des registres et des inventaires corrects des stocks, indiquant clairement les quantités de biens produits qui ont été détruites ou mises à la poubelle. Ensuite, l’assujetti TVA doit pouvoir établir que les marchandises n'étaient plus vendables. La preuve peut à cet égard être apportée notamment grâce à des photos des marchandises périmées (pour le cas de nourriture périssable par exemple) ou à des factures issues d’entreprises de gestion ou de transformation des déchets, etc.
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